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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020
Évènement
Formation
Publié : 2 novembre 2020
I Mis à jour : 11 septembre 2025
[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020
Versioning, reproductibilité, conteneurisation et partage
![[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020](https://preprod.fondationbiodiversite.fr/wp-content/uploads/2019/12/logo-formation_web-690x690.png){kind=logo}
Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
Les frais d’inscription s’élèvent à 100 € pour la semaine et serviront à indemniser les intervenants. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent solliciter une aide financière de la part du GDR.
La formation, dispensée en français, s’est déroulée du 2 au 6 novembre 2020.
Vous pouvez accéder à la présentation de la formation ainsi qu’aux codes R.
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
- Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
- Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
- Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
- François GUILHAUMON (IRD Marbec)
- Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)
Programme
Lundi 2 Novembre 2020
09h00 – 11h00 : Accueil et présentation de la semaine
11h00 – 12h30 : Science ouverte et Recherche reproductible
14h00 – 17h30 : Gestion des versions et partage (git, GitHub, GitLab, etc.)
Mardi 3 Novembre 2020
09h00 – 11h30 : Research Compendium (rrtools, devtools, usethis)
11h30 – 12h30 : Programmation lettrée (Rmarkdown)
14h00 – 17h30 : Manipulation et visualisation de données (tidyverse et sf)
Mercredi 4 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Optimisation du flux de travail (drake)
14h00 – 17h30 : Conteneurisation (docker) et gestion des dépendances (renv)
Jeudi 5 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes
14h00 – 17h30 : Projets en sous-groupes
Vendredi 6 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes
14h00 – 16h30 : Restitution des projets
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