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Thématique : Outils

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2025

Les pré-inscriptions sont désormais closes pour la session 2025.

Attention, le nombre de places étant limité, les candidatures retenues seront confirmées mi-juillet.

 

Vous vous êtes inscrits après le 17 juin ? Un bug technique a empêché votre inscription, merci de nous contacter par mail. 

 
 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la septième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 1 au 5 décembre 2025 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

La FRB propose 4 bourses de 250 € qui couvriront l’intégralité des frais d’inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière.

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.

 

 

Liste des intervenant(e)s :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture – 2025

Les pré-inscriptions sont closes pour cette session 2025. Les candidatures retenues seront confirmées en juin.

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB, le Pôle National des Données de Biodiversité (PNDB) et GBIF France proposent la seconde édition de la formation « La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de : 1) contextualiser les enjeux autour de la compréhension, du partage et de la (ré)utilisation des données et métadonnées de biodiversité et 2) faire monter en compétences les communautés intervenant à une ou plusieurs étapes du cycle de la donnée.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 3 au 7 novembre 2025 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

La FRB propose 4 bourses de 250 € qui couvriront l’intégralité des frais d’inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise

 

 

Liste des organisateur.ice.s (par ordre alphabétique) :

 

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2025

Les pré-inscriptions sont désormais closes pour la session 2025.

Le nombre de places étant limité, les candidatures retenues seront confirmées en juin.

 

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB propose la quatrième édition de la formation « La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques ».

 

Cette formation de cinq jours a pour objectif de former des chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec différents outils (Web of Science, Scopus, Zotero, etc.) et méthodes statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor, etc.) nécessaires pour entreprendre une revue systématique et/ou une méta-analyse.

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revues systématiques.

 

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 6 au 10 octobre 2025 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant.e.s.

 

La FRB propose 4 bourses de 250 euros qui couvriront l’intégralité des frais d’inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière (4 bourses).

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

 

Liste des organisateur.ice.s (par ordre alphabétique) :

Cette liste comprend les personnes ayant contribué à l’organisation de la formation (O) et les intervenante.e.s en 2025 (I).

[Appel à expert(e)s] Quelles pratiques sont les plus favorables à la biodiversité ? Votre expertise est requise !

La plateforme Puzzling Biodiversity

est OUVERTE !

 

 

Vous avez une formation à l’écologie scientifique et travaillez dans le domaine de la biodiversité (recherche académique, entreprise, gestionnaire de la nature…) ? Vous avez un avis sur l’efficacité des pratiques favorables à la biodiversité en forêt ou dans l’agriculture, en Europe occidentale sous climat tempéré ? Proposez votre classement des pratiques les plus favorables à la biodiversité sur la plateforme Puzzling Biodiversity.

 

 

La plateforme Puzzling Biodiversity 

 

 

Puzzling Biodiversity est une plateforme conçue pour vous permettre de partager votre expertise. Grâce à votre participation, nous pourrons tester le niveau de consensus entre experts pour tenter de publier un classement de référence des pratiques les plus favorables à la biodiversité, en accès libre, qui pourrait révolutionner les outils d’évaluation actuellement disponibles.

 

Grâce à une expérience utilisateur soigneusement pensée, la plus fluide possible, la plateforme va vous permettre de produire des données de qualité basées sur vos connaissances, vos expériences et vos intuitions. Plus qu’un formulaire en ligne, Puzzling Biodiversity se veut un véritable espace de travail personnel sur lequel vous pouvez revenir quand vous voulez jusqu’au 30 juin 2025, qui marquera la fin de cette première expérimentation.

 

C’est maintenant à vous de jouer !

Plus vous serez nombreux à vous prêter au jeu, plus les résultats seront robustes : n’hésitez pas à faire passer le message. Merci

 

 

🔎 En savoir plus…

 

Un consortium scientifique constitué du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), de Carbone 4 et de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) s’est lancé, début 2024, dans un projet de recherche méthodologique sur la certification de pratiques favorables à la biodiversité, valorisées en fonction des gains attendus de biodiversité associés à leur maintien ou à leur mise en place, en s’appuyant sur le consensus d’experts (voir plus bas). C’est dans ce contexte qu’est né la plateforme Puzzling Biodiversity.  

 

  • Le webinaire : vous avez été nombreux et nombreuses à assister au webinaire de présentation du projet et de la méthode d’évaluation du gain biodiversité ! Si vous n’avez pas pu être présent ou que vous souhaitez le redécouvrir, la vidéo du webinaire est désormais en ligne : https://youtu.be/mNSlr126rdg

 

  • La consultation d’experts : elle est ouverte aux expert(e)s non-académiques et académiques. Une attention particulière sera portée à la quantification du degré de consensus, aux hypothèses sous-jacentes d’additivité des différentes pratiques listées et les conditions de validité pour associer un gain moyen de biodiversité au maintien et/ou à la mise en place d’une pratique. Un traitement statistique des données issues de l’étude et une analyse critique des résultats, y compris du profil des expert·e·s, sera également mené. Le processus d’évaluation sera intégralement réalisé en ligne grâce à la plateforme Puzzling Biodiversity. Une grande attention a été portée sur l’ergonomie de la plateforme, afin de rendre l’expérience la plus attractive et fluide possible pour les participant.es.

 

  • Le projet plus largement : le projet de recherche mené par le consortium scientifique s’est développé dans deux directions :

➣ La mise en place d’une méthode d’évaluation du consensus entre experts sur les gains attendus de biodiversité associés à la mise en place ou au maintien de pratiques favorables. Les « taxonomies » des pratiques utilisées pour cette évaluation via la plateforme Puzzling Biodiversity ont été réalisées en concertation avec des praticiens puis des écologues. Aussi bien la méthodologie générale que les classements de référence qui seront publiées à l’issue des analyses pourront être mobilisés dans différents cas de figure : élaboration d’une taxonomie et d’un classement de référence pour d’autres secteurs ; utilisation par des initiatives visant l’amélioration des pratiques ; identification d’actions et de niveaux de mise en place pour l’élaboration de plans et stratégies…

➣ Une réflexion sur un mécanisme de certification de pratiques favorables à la biodiversité aboutissant à une cartographie des opportunités, risques et cas d’usages associés à un mécanisme de certification : carbone4.com/files/Publication_Certificats_Biodiversite_Risques_et_Opportunites.pdf

Les résultats issus de la consultation sur la plateforme Puzzling Biodiversity pourront alimenter ce type de mécanisme.

 

Pour en savoir plus sur le projet mené par le consortium : Restaurer la biodiversité : quels rôles pour le secteur financier ? Les enjeux d’une finance durable – Fondation pour la recherche sur la biodiversité

[FRB-Cesab] Analyse de réseaux d’interactions en écologie – 2025

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et l’ANR EcoNet organisent la deuxième édition de la formation “Analyse de réseaux d’interactions en écologie“. L’objectif de ce cours de cinq jours est de former de jeunes chercheur·e·s à l’analyse de données de réseaux écologiques. Ce cours contient une introduction générale sur les réseaux, les métriques classiques (dont la modularité, les niches et les clusters), les modèles nuls, les modèles génératifs (SBM), les réseaux à plusieurs niveaux, ainsi qu’un tour d’horizon des techniques plus nouvelles (comme l’analyse de motifs ou d’un ensemble de réseaux). Chaque thème sera exploré à travers des cours puis suivi de sujets pratiques.
 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 31 mars au 4 avril 2025 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Le prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Les pré-inscriptions se sont fermées le 2 décembre 2024.

Le nombre de places étant limité, les dossiers retenus seront confirmés en fin-janvier.

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

[FRB-Cesab] Analyse théorique des données écologiques – 2025

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive organisent la quatrième édition de la formation “Analyse théorique des données écologiques“. L’objectif de ce cours de cinq jours est de former de jeunes chercheur·e·s à la construction et à l’analyse de modèles mathématiques qui les aideront à mieux comprendre les données écologiques. Contrairement aux modèles purement statistiques, ce cours met l’accent sur une approche axée sur les processus et fondée sur l’écologie théorique. Le cours comprend une introduction générale à la modélisation en écologie et des sessions thématiques sur trois sujets d’intérêt (séries temporelles, données spatiales, réseaux d’interaction). Chaque sujet est exploré via des modèles mathématiques ainsi que des approches inférentielles et prédictives, avec un mélange de cours et de travaux pratiques.

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 17 au 21 mars 2025 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Les pré-inscriptions se sont déroulées du 15 octobre 2024 au 18 novembre 2024.

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA)
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem)
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris)
  • Claire JACQUET (CNRS, Isem)
  • Sonia KEFI (CNRS, Isem)
  • François MASSOL (CNRS, CIIL)

Des résultats rassurants sur le déclin des insectes remis en cause par l’analyse détaillée d’une base de données mondiale

Posted on by Fanny Lavastrou
Le problème de la qualité des données en écologie : l’exemple d’InsectChange

 

La crise actuelle de la biodiversité soulève des enjeux écologiques, économiques et sociétaux majeurs. Aussi, des bases de données en écologie se multiplient pour évaluer les tendances de la biodiversité. Les résultats de ces évaluations influencent l’opinion publique et les décideurs. Or, bien qu’elle soit une condition nécessaire à la fiabilité des tendances estimées, la qualité de ces jeux de données fait rarement l’objet d’investigations poussées.

 

Les données sur les insectes n’échappent pas à ce constat. Les insectes assurent des services essentiels dans les écosystèmes (pollinisation, recyclage de la matière organique, source de nourriture pour de nombreuses espèces, contrôle des bioagresseurs …). Leur déclin est donc particulièrement préoccupant mais il est très difficile de mesurer précisément son ampleur et ses déterminants en raison de leur grande diversité taxonomique et d’un manque de données concernant certains groupes.

 

Ainsi, une évaluation minutieuse de la seule base de données mondiale sur les insectes, InsectChange, publiée dans Ecology en 2021, montre qu’il est crucial de mieux prendre en compte la question de la qualité des bases de données. InsectChange rassemble les données utilisées dans la méta-analyse de van Klink et al. publiée dans Science en 2020, qui montrait un déclin des insectes terrestres de 9 % par décade, et une augmentation des insectes d’eau douce de 11 % par décade. Cette méta-analyse ne mettait pas en évidence d’impact de l’agriculture sur le déclin des insectes. Elle argumentait au contraire que l’amélioration des pratiques agricoles était un facteur explicatif de l’augmentation des insectes d’eau douce. Cette méta-analyse, plutôt rassurante par rapport à d’autres résultats antérieurs, a fait néanmoins l’objet de plusieurs analyses critiques de la part de la communauté scientifique internationale, dont une publiée dans Science la même année. Les auteurs de l’article débattu ont publié une correction, mais celle-ci n’a considéré qu’à la marge les critiques énoncées, et la publication a continué à être fortement médiatisée. L’analyse complète de InsectChange, en révélant une accumulation d’erreurs et de biais dans les données, démontre que les tendances estimées et leurs déterminants ne sont pas fiables.

 

Cette analyse critique révèle plus de 500 erreurs et problèmes méthodologiques dans la constitution de cette base de données à partir de 165 jeux de données. Ces problèmes, parfois transmis depuis une autre base de données, relèvent de 17 types : chiffres mal reportés, biais d’échantillonnage, insectes comptés deux fois, unités de mesures non standardisées, etc. La méthode développée pour évaluer la base de données définit des critères spécifiques et regroupe les problèmes en quatre catégories : erreurs, incohérences, problèmes méthodologiques et déficit d’informations.

 

Illustration de la répartition et du nombre moyens des 17 types de problèmes rencontrés par jeu de données dans la base InsectChange, auquel s’ajoute le problème général de non-standardisation des données (non représenté sur le graphique). Ces types de problèmes appartiennent à quatre catégories : les erreurs, les incohérences, les problèmes méthodologiques et les déficits d’information.

 

Ainsi, l’analyse détaille quatre problèmes majeurs qui ont conduit à fausser l’analyse des tendances des insectes et celle de leurs déterminants.

 

 

Des données hétérogènes et leur transformation mathématique invalident l’estimation des tendances globales

 

Un problème majeur de la base de données réside dans le fait que les métriques (abondance, biomasse) sont disparates, les méthodes d’échantillonnage sont différentes et les unités de mesure ne sont pas standardisées. L’analyse montre que la transformation mathématique log(x+1) de ces données hétérogènes effectuée dans la méta-analyse de Science compromet la comparaison des pentes entre les séries temporelles et l’estimation des tendances globales des insectes. Elle ne permet pas, comme il était spécifié, de travailler sur des variations temporelles relatives et donc comparables entre jeux de données. Ce problème suffit ainsi à lui seul à invalider l’estimation faite des tendances des insectes dans le monde. 

 

 

Des erreurs conduisent à sous-estimer le déclin des insectes

 

La base de données présente plusieurs d’erreurs et d’incohérences comme :

  • l’inversion des chiffres entre le premier et le dernier enregistrement d’une série, transformant ainsi une diminution en une augmentation,
  • la sélection préférentielle dans certaines études de séries où la tendance des insectes augmentait,
  • ou encore la non-correction de l’augmentation de l’effort d’échantillonnage.

En plus de ces erreurs, un problème majeur a conduit à sous-estimer le déclin des insectes à partir de cette base de données. En effet, beaucoup de jeux de données comprennent des invertébrés qui ne sont pas des insectes, comme des moules envahissantes, des escargots, des vers et des crustacés. C’est le cas de près de la moitié des jeux de données d’eau douce concernant l’abondance des insectes (le nombre d’individus) et plus de trois quarts de ceux concernant leur biomasse (le poids cumulé des individus). Ce type d’erreur peut avoir des impacts importants sur l’évaluation des tendances : ainsi, un jeu de données d’un lac du Kazakhstan montre, en près d’un siècle, une augmentation exponentielle « d’insectes » … alors qu’il s’agit pour la plupart de coquillages envahissants, atteignant à la fin de la période considérée 95 % de la biomasse de l’assemblage total d’invertébrés pris en compte.

 

De plus, un examen minutieux des données sources a permis d’identifier les jeux de données pour lesquels il était en fait possible de séparer insectes et non insectes. Dans ces jeux de données, bien souvent la biomasse des seuls insectes diminuait, alors que celle des assemblages d’invertébrés présentés comme des insectes augmentait. Il a pu ainsi être démontré que la prise en compte de l’ensemble des invertébrés, et non des seuls insectes, conduisait à surestimer la tendance des « insectes » d’eau douce.

 

 
Des données sont issues de contextes spécifiques, influençant les tendances locales, mais non pris en compte

 

Une faille méthodologique réside dans le fait que plus de la moitié des publications sources étudiaient les dynamiques des insectes dans des contextes très spécifiques (mesures de restauration, création de nouveaux habitats, feu, sécheresse, traitements insecticides, etc.). Ces contextes étaient des perturbations extrêmes ou des facteurs étudiés comme pouvant influencer les dynamiques observées et testés au travers d’expériences contrôlées (avec manipulation du milieu) ou d’expériences naturelles (comparaison de sites naturellement perturbés avec d’autres restés intacts). Mais ces contextes spécifiques ne sont la plupart du temps pas reportés dans la base de données. Or ils créent des situations non représentatives de la diversité des conditions de vie des insectes dans le monde qui favorisent cinq fois plus fréquemment l’augmentation des insectes que leur diminution. L’utilisateur est laissé ignorant des biais dans les tendances, artificiellement causés par ces facteurs influents, et de la sous-estimation du déclin global des insectes qui en résulte.

 

 

Une méthodologie inappropriée conduit à écarter l’agriculture comme facteur du déclin des insectes

 

Alors que les contextes spécifiques aux études sources – facteurs les plus directement influents sur la dynamique des insectes – ne sont souvent pas reportés dans la base de données, cette dernière extrait depuis des bases externes des données concernant les facteurs anthropogéniques susceptibles d’influencer localement les tendances observées. Plus précisément, les données d’évolution des insectes dans InsectChange sont appariées via les coordonnées géographiques des sites d’échantillonnage avec d’autres bases de données mondiales décrivant l’évolution de l’utilisation des terres (agriculture, urbanisation) et du climat. Or, une analyse détaillée montre que pour deux tiers des jeux de données, l’appariement des bases de données est compromis parce que la zone d’échantillonnage est plus grande que la zone définie comme échelle locale dans la base de données externe, ou n’est pas localisée au bon endroit dans InsectChange. Par ailleurs, la base de données qui code la couverture des terres du globe à partir d’une interprétation automatisée d’images satellites, peut confondre les cultures agricoles avec des prairies, des steppes, etc. Ainsi, une analyse exhaustive montre que les sites considérés sans culture agricole au niveau local sont bien non cultivés, tandis que les sites considérés comme cultivés ne le sont en général pas, ou moins que ce qui est reporté. Cette surestimation importante de la couverture des terres cultivées conduit les auteurs de la méta-analyse à écarter ainsi de façon erronée les pratiques agricoles comme cause possible du déclin des insectes. À cause d’une méthodologie doublement inappropriée, InsectChange ne permet donc pas d’identifier les déterminants des tendances des insectes.

 

 

Conclusion

 

Ce travail minutieux et complet d’évaluation montre l’insuffisante attention accordée à la qualité des données d’InsectChange et amène à réfléchir sur la nécessité d’une évaluation systémique des grosses bases de données construites pour estimer les tendances de la biodiversité. À ce titre, la méthodologie reproductible développée pour évaluer InsectChange peut contribuer à l’élaboration d’une méthode généralisable d’évaluation de la qualité des bases de données en écologie.

 

Ce travail d’ampleur met également en garde contre les risques d’une science toujours plus rapide. Il appelle les revues scientifiques à améliorer leur processus d’évaluation par les pairs et à garantir la prise en compte des commentaires post-publication, afin de préserver la qualité des connaissances scientifiques. Cela concerne tout particulièrement les revues de renom, intermédiaires privilégiés des journalistes.

 

Enfin, cette démarche inédite met en lumière le rôle fondamental de l’organisation de chercheurs à but non lucratif Peer Community In. En publiant, comme elle l’a fait pour cette réanalyse des données de InsectChange, des commentaires critiques sans restriction éditoriale, selon une démarche de science ouverte et un processus d’évaluation indépendant et transparent, cette organisation participe à préserver l’intégrité scientifique et la qualité du débat scientifique.

 

 

Cet article a d’ores et déjà fait l’objet de différentes communications et reprises dans la presse. Merci à Laurence Gaume, chercheuse en écologie au CNRS, et Marion Desquilbet, chercheuse en économie de l’environnement (INRAE) d’avoir pris le temps de revenir sur ce texte pour la FRB.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Existe-t-il un consensus sur l’efficacité des pratiques favorables à la biodiversité ?

 

Au cœur des discussions de la récente Conférence des parties de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB) tenue en Colombie en novembre dernier, la protection et la restauration de la biodiversité se heurtent à des questions de financement, mais également à des questions d’évaluation de l’efficacité des mesures mises en œuvre pour restaurer ou maintenir la biodiversité d’un socio-écosystème. 

 

Un consortium scientifique constitué du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) et de Carbone 4 s’est lancé, début 2024, dans un projet de recherche méthodologique basé sur la certification de pratiques favorables, valorisées en fonction des gains attendus de biodiversité associés à leur maintien ou à leur mise en place, en s’appuyant sur le consensus d’experts (voir plus bas).

 

Ce consortium a conçu une méthode d’évaluation des gains biodiversité associés aux pratiques par socio-écosystèmes. Il lance le recueil pour deux cas d’étude : “Terres arables et prairies permanentes” et “Forêts exploitées” d’Europe occidentale. Cette méthode d’évaluation est basée sur une interface permettant le classement semi-quantitatif des pratiques les unes par rapport aux autres. Il lancera bientôt une large consultation pour tester l’hypothèse qu’il existe un consensus d’experts suffisamment robuste pour publier le premier classement de référence des pratiques les plus favorables à la biodiversité.

 

 

La biodiversité associée aux milieux de forêts tempérées et/ou de polyculture
est votre domaine d’expertise ?

 

Vous êtes invité·e à participer à l’évaluation des gains de biodiversité des pratiques réputées favorables
Plus il aura de participation, plus les résultats seront robustes !

 

Vous avez été nombreux et nombreuses à assister au webinaire de présentation du projet et de la méthode d’évaluation du gain biodiversité ! Si vous n’avez pas pu être présent ou que vous souhaitez le redécouvrir, la vidéo du webinaire est désormais en ligne.

 

(Re)découvrir le webinaire

 

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📆 Rendez-vous au printemps

 

La plate-forme Puzzling Biodiversity, permettant l’évaluation des gains de biodiversité associés à des pratiques forestières et agricoles ouvrira au printemps 2025.

 

 

🔎 En savoir plus…

 

La consultation d’experts : elle est ouverte aux expert.e.s non-académiques et académiques. Une attention particulière sera portée à la quantification du degré de consensus, aux hypothèses sous-jacentes d’additivité des différentes pratiques listées et les conditions de validité d’associer un gain moyen de biodiversité au maintien et/ou à la mise en place d’une pratique. Un traitement statistique des données issues de l’étude et une analyse critique des résultats, y compris du profil des expert·e·s, sera également mené. Le processus d’évaluation sera intégralement réalisé en ligne grâce à une plateforme développée spécifiquement. Une grande attention a été mise sur l’ergonomie de la plateforme, afin de rendre l’expérience la plus attractiXve pour les participant.es.

 

Le projet : le consortium développe une méthode d’évaluation des pratiques favorables à la biodiversité. Le projet s’attache aussi à produire une cartographie des opportunités, risques et cas d’usages associés à un mécanisme de certification.

Pour en savoir plus sur le projet mené par le consortium : Restaurer la biodiversité : quels rôles pour le secteur financier ? Les enjeux d’une finance durable – Fondation pour la recherche sur la biodiversité

ATLASea : un atlas de génomes marins

Posted on by Violette Silve

Qu’est-ce que le projet PEPR ATLASea ?

 

Avant de s’intéresser à le définir, il est important de comprendre pourquoi il est important ! Les approches systématiques sont cruciales afin de dresser des inventaires de biodiversité, notamment pour obtenir des génomes. Le génome est comme une pelote de laine compacte dans le noyau des cellules, où chaque fil d’ADN porte des instructions qui codent le vivant. Séquencer un génome, c’est dérouler et enregistrer toutes ces informations.

 

Au niveau international, l’échelle génomique est en pleine activité, avec des nombreux projets globaux tels que :

 

C’est dans ce cadre, en tant que contribution dans ces initiatives plus générales, que la France a choisi de participer à l’effort international en lançant un PEPR (Programme et Équipement Prioritaire de Recherche). Ce dispositif français, dédié au financement de la recherche publique, s’inscrit dans le plan France 2030. Nous avons eu la chance d’être sélectionnés pour le programme ATLASea, dont l’objectif est de séquencer, sur une période de huit ans, le génome de 4 500 espèces marines de métropole et des territoires ultramarins.

 

 

Ce projet AtlaSEA est coordonné par Hugues Roest Crollius, chercheur au CNRS et Patrick Wincker, directeur du Génoscope. Le Génoscope est le centre national de séquençage qui s’est chargé il y a plus d’une vingtaine d’années du génome humain et qui est désormais largement tourné vers le séquençage de la biodiversité. Il y a également de nombreux partenaires qui viennent étayer ce projet, et qui unissent leurs forces afin d’explorer la biodiversité marine que l’on connaît encore mal.

 

 

Comment vous y prenez-vous pour construire cet Atlas ?

 

Le projet ATLASea s’articule en trois chevrons :

  • DIVE-Sea : récolte des données, référence des spécimens. C’est la partie que je coordonne ! Le tout est ensuite transféré au deuxième chevron …
  • SEQ-Sea : s’occupe du séquençage et de l’annotation des génomes, une étape qui est réalisée Génoscope.
  • BYTE-Sea : réalise la mise à disposition et l’analyse des génomes obtenus. Cette étape est coordonnée par le CNRS, l’IFB et d’autres partenaires.

 

 

Nous nous concentrons exclusivement sur la biodiversité française, en échantillonnant tout au long de la Zone Économique Exclusive (ZEE). La carte ci-dessus montre l’étendue des données dont nous disposons actuellement. La majorité de ces données est concentrée le long des côtes, avec quelques radiales correspondant aux campagnes récurrentes de l’Ifremer pour évaluer les stocks halieutiques. En effet, pour le projet ATLASea nous nous appuyons sur des moyens à la mer existants, c’est-à-dire ceux des stations marines ainsi que ceux mobilisés par les campagnes Ifremer. Notre échantillonnage est structuré par l’exploration de divers gradients, tels que les zones de transition terre-mer ou encore les différents niveaux de préservation.

 

En métropole, nous prévoyons de séquencer 3 900 génomes, auxquels s’ajouteront 600 génomes issus des zones ultramarines. L’année dernière, nous avons déjà mené une campagne d’échantillonnage en Nouvelle-Calédonie, et je me prépare à partir pour les îles périphériques de la Guadeloupe. D’autres campagnes sont également prévues, notamment à Saint-Paul et Amsterdam, en Polynésie, à Mayotte… Autant de territoires fascinants que nous avons à cœur d’étudier.

 

 

Vous dites séquencer 4 500 espèces, est-ce que c’est beaucoup, ou en tous cas suffisant pour représenter la biodiversité marine ?

 

Effectivement, la question mérite d’être posée ! Le long des côtes métropolitaines, l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) répertorie 13 600 espèces, dont plus des trois quarts sont des animaux. Le quart restant se compose de plantes (comme la posidonie de Méditerranée ou les algues vertes et rouges), de chromistes, de champignons, et de quelques unicellulaires. Nous souhaitons explorer chacune de ces lignées pour produire des génomes.

 

Le saviez-vous ?

La biodiversité animale recouvre une grande diversité de groupes taxonomiques. Chez les organismes marins, les arthropodes sont le groupe le plus représenté, suivis par les mollusques, les annélides, et enfin les chordés, qui incluent les poissons. Lorsque l’on évoque la “biodiversité marine”, on pense souvent aux poissons, mais en réalité, il faudrait d’abord penser aux crevettes, aux vers et aux mollusques !

 

La vie est apparue dans les océans, et de nombreuses lignées ne se trouvent que dans le milieu marin. D’un point de vue phylogénétique, il est donc extrêmement intéressant pour nous de pouvoir produire des génomes pour chacun de ces grands groupes.

En définitive, nous travaillons, bien sûr, sur les groupes taxonomiques les plus représentés, mais nous veillons également à échantillonner au sein de chaque groupe pour refléter au mieux la diversité du vivant.

 

 

Concrètement, comment se passe la récolte de données sur le terrain ?

 

Nous allons chercher les organismes sous l’eau soit en plongée soit à l’aide d’engins tels que des dragues de 80 cm, puis nous les ramenons à terre où nous avons mis en place une chaîne de tri. Les échantillons ramenés sont fractionnés par classe de taille à l’aide d’une série de tamis. Chaque fraction de taille est triée par grand phylum puis les taxonomistes identifient les spécimens le plus finement possible. Ensuite chaque spécimen vivant est photographié, afin de conserver une information sur ses couleurs avant d’être conservé dans l’alcool qui les fait disparaître. Nous nous attachons donc à documenter toutes ces étapes.

 

 

Pourriez-vous nous donner un exemple de toute cette chaîne de procédés, de la capture sur le terrain jusqu’à la mise en ligne du génome ?

 

Bien sûr ! Je vous invite à me suivre à travers le parcours de la praire Venus verrucosa, un mollusque bivalve, et première espèce intégrée dans le projet ATLASea.

 

Source : Dominique Horst

 

En avril 2022, ce spécimen a été récolté sur le terrain, à la station marine de Roscoff. Après la récolte, une phase d’identification a eu lieu avec le soutien de notre réseau de taxonomistes (pour la praire, cette étape n’était pas trop complexe). Ensuite est venu le séquençage du génome. Comme le séquençage est une initiative internationale, nous devons d’abord vérifier que la praire n’est pas déjà en cours de séquençage dans un autre projet. Il s’est avéré qu’elle faisait partie des espèces d’intérêt pour le projet Darwin Tree of Life, mais comme nous avons été les premiers à la collecter, nous avons pu lancer notre propre séquençage.

 

Les spécimens ont été photographiés, puis le Génoscope a pris le relais. Les tissus ont été prélevés avec soin pour éviter toute contamination, puis l’ADN a été conservé à l’aide de la technique de congélation rapide (“flash freezing”). Cette méthode, qui consiste à plonger le spécimen dans de l’azote liquide et à le conserver à -80°C permet d’éviter la dégradation de l’ADN. Les tissus de cette praire ont ensuite été analysés avec différentes techniques de séquençage en parallèle pour établir son génome de référence. L’objectif est d’obtenir la carte chromosomique complète de chaque séquence, en utilisant la technique HiC, ainsi qu’une grande profondeur de séquençage pour garantir la précision des données. Pour annoter les génomes et comprendre la fonction des gènes, la méthode la plus efficace est d’extraire et séquencer l’ARN. Au total, au moins quatre séquençages différents sont réalisés en parallèle pour chaque spécimen.

 

Et voilà, notre praire est désormais le premier génome entièrement séquencé du projet ATLASea ! Elle est désormais répertoriée sur un tableau de bord public (ici !), où l’on peut retrouver le génome obtenu, ainsi que visualiser une carte de distribution de l’espèce, semblable à celles produites par le GBIF (Global Biodiversity Information Facility, soit le Système mondial d’information sur la biodiversité).

 

 

Ok j’ai compris, séquencez-les tous ! C’est bien beau, mais les séquencer pour quoi faire ?

 

Ce projet nous permet de plonger au cœur de la taxonomie, un enjeu majeur pour la recherche. Aujourd’hui, environ 250 000 espèces ont été découvertes dans le milieu marin, et chaque année, en moyenne, 2 700 nouvelles espèces s’ajoutent à cette liste. On estime que la biodiversité marine encore inconnue est aussi vaste que celle des milieux terrestres. Ainsi, on évalue qu’il reste environ 80 % de la biodiversité marine à découvrir.

 

Au-delà de l’intérêt taxonomique, cette vaste banque de données génomiques que nous construisons peut avoir de multiples applications, comme en phylogénomique ou encore en génomique comparative. Dans le cadre des PEPR, l’ANR va lancer des appels à projets thématiques que nous avons choisi d’articuler autour de deux axes :

  • L’étude des voies métaboliques menant à des molécules d’intérêt, un sujet de recherche fondamentale avec des applications biotechnologiques.
  • L’étude des espèces envahissantes, avec des applications plus orientées vers la conservation de la biodiversité.

Tant de possibilités intéressantes en perspective !

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2024

Les pré-inscriptions 2024 sont closes.

 
 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la sixième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 décembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenant(e)s :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture – 2024

Les pré-inscriptions sont maintenant closes !

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB, le Pôle National des Données de Biodiversité (PNDB) et GBIF France proposent la première édition de la formation « La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de : 1) contextualiser les enjeux autour de la compréhension, du partage et de la (ré)utilisation des données et métadonnées de biodiversité et 2) faire monter en compétences les communautés intervenant à une ou plusieurs étapes du cycle de la donnée.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 4 au 8 novembre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise

 

 

Liste des organisateur.ice.s :

Cette liste peut être sujette à modification.

[Appel à prestataire] Nomination d’un prestataire pour développer un guide à destination des entreprises sur les bonnes pratiques pour partager des données de biodiversité

Dans le cadre de l’objectif « Meilleure utilisation des données de biodiversité dans la prise de décision » de Biodiversa+, le Partenariat européen pour la biodiversité sous-traite à un prestataire de services la réalisation d’un rapport visant à aider des entreprises à partager les données de biodiversité qu’elles collectent de manière FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Le prestataire sélectionné devra aussi participer à la promotion de ce guide lors d’un workshop organisé par Biodiversa+.

 

POUR CANDIDATER

 

La date limite pour postuler à cet appel d’offres est fixée au 3 novembre 2024 – minuit (heure de Paris).

 

Pour toute question sur le processus de candidature, veuillez contacter :

 

Plus d’informations :

> Cahier des charges

> Formulaire de candidature

[Appel à prestataire] Nomination d’un prestataire pour développer un rapport visant à accélérer l’utilisation des données de biodiversité par les entreprises

Dans le cadre de l’objectif « Meilleure utilisation des données de biodiversité dans la prise de décision » de Biodiversa+, le Partenariat européen pour la biodiversité sous-traite à un prestataire de services la réalisation d’un rapport visant à aider des entreprises à mieux utiliser des données publiques sur la biodiversité afin de les reporter sur leur impact sur la biodiversité. Ce rapport a pour objectif d’encourager les entreprises à prendre conscience et réduire leurs impacts négatifs sur la biodiversité.

 

POUR CANDIDATER

 

La date limite pour postuler à cet appel d’offres est fixée au 14 novembre 2024 – minuit (heure de Paris).

 

Pour toute question sur le processus de candidature, veuillez contacter :

 

Plus d’informations :

> Cahier des charges

> Formulaire de candidature

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2024

Les pré-inscriptions sont maintenant closes.

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB propose la troisième édition de la formation « La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques ».

 

Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec différents outils (Web of Science, Scopus, Zotero, etc.) et méthodes statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor, etc.) nécessaires pour entreprendre une revue systématique et/ou une méta-analyse.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 30 septembre au 4 octobre 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant.e.s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revues systématiques.

 

 

Liste des organisateur.ice.s (par ordre alphabétique) :

Cette liste comprend les personnes ayant contribué à l’organisation de la formation (O) et les intervenante.e.s en 2024 (I).

Les indicateurs de biodiversité : pour qui, pour quoi ?

Construire des indicateurs suppose de savoir à qui ils s’adressent, qu’est-ce qu’ils représentent mais aussi comment les documenter. Ces choix exigent de tenir compte des différentes facettes du vivant, mais également des responsabilités respectives des autorités publiques, des entreprises, des consommateurs et des citoyens, d’intégrer les spécificités de chaque partie prenante, et ainsi, d’identifier d’éventuels leviers d’actions pour que chacune puisse réduire ses impacts. Plusieurs propositions en faveur d’un indicateur « unique et global » ont émergé.

 

Qu’en est-il de leurs pertinence et utilisation face aux enjeux actuels de biodiversité ? La FRB investie depuis plusieurs années cette question majeure. Elle analyse ici les options actuelles s’offrant aux acteurs publics et privés.

Méthode d’analyse des stratégies en faveur de la biodiversité

 

Vous trouverez sur cette page deux documents concernant cette méthode d’analyse des stratégies en faveur de la biodiversité :

 

1. Le premier met en avant la méthode, ses critères, se la grille d’analyse, son processus d’évaluation et ses utilisations. 

 

2. Le second présente l’application de cette méthode sur une partie des mesures du premier volet, pré-Cop15, de la SNB3. Il dévoile les résultats de cette analyse scientifique et met en évidence les points d’amélioration possibles. 

 

 

 

Le développement d’une méthode originale

La FRB a développé, en s’appuyant sur un cas concret (le premier volet de la SNB3 pré-COP15), une méthode originale d’évaluation du potentiel effet de levier d’une stratégie, d’une politique publique, d’un plan d’action, d’un programme, permettant d’identifier si ceux-ci peuvent initier des changements transformateurs dans la société. Cette méthode, adaptable et reproductible, s’applique tant aux évaluations ex.ante qu’ex.post. Elle s’appuie sur des expertises à la fois académiques et non-académiques.

 

Retrouvez la présentation de la méthode dans le document : “Méthode d’évaluation des stratégies en faveur de la biodiversité : Analyse de la capacité à initier un changement transformateur – Une méthode originale pour l’évaluation ex.ante et ex.post” 

Son application à la SNB3

La méthode d’évaluation développée par la FRB a été éprouvée par l’analyse du potentiel levier des mesures du premier volet de la SNB3, version pré-COP15.
Quatre des cinq axes et leurs mesures ont été analysés. L’axe 4 concernant la mise en œuvre de la stratégie sera complété dans le second volet : il n’a donc pas été évalué.

 

  • Étape 1 | Définition de 15 critères d’analyse par le Conseil scientifique de la FRB
  • Étape 2 | Analyse individuelle des mesures. Cette étape a permis de constituer des fiches consensuelles d’évaluation scientifique pour chacune des mesures, disponibles dans le document.
  • Étape 3 | Interclassement des mesures entre elles, au sein d’un même axe, afin d’identifier les forces et les faiblesses de chacune d’elles et de mettre en lumière ce qui pourrait, pour chaque mesure, être amélioré. Pour cette étape, deux groupes ont été constitués (l’un avec des représentant du Conseil d’orientation stratégique de la Fondation ; l’autre avec des scientifiques) dans le but de confronter hiérarchisation sociétale et hiérarchisation scientifique.

 

Retrouvez le détail de cette méthode dans le document annexe “Méthode d’évaluation des stratégies en faveur de la biodiversité : Analyse de la capacité à initier un changement transformateur – Application au premier volet de la troisième Stratégie nationale pour la biodiversité (SNB3)”.

 

 

Messages-clés

 

Il ressort de l’étude que la stratégie publiée en 2022 affiche une pertinence élevée dans ses objectifs (titres et axes). Sa structure est également intéressante puisqu’elle identifie bien les domaines sur lesquels faire levier, à savoir les activités humaines et notamment l’agriculture, l’éducation, les activités économiques, la finance. Toutefois, l’évaluation conclut que le contenu des mesures nécessite d’être affiné, mieux documenté, explicité pour réussir à engager un véritable changement transformateur. La stratégie mériterait d’exprimer un niveau d’ambition plus élevé et d’indiquer concrètement les nouvelles directions à prendre.

 

Huit constats, transversaux aux axes analysés, sont également détaillés dans le rapport :

1 | Les mesures dessinent un maillage incomplet des pressions, territoires, écosystèmes, cibles et acteurs.

2 | Le texte des mesures, tel que rédigé, ne permet pas de percevoir la dimension systémique des enjeux, des causes, solutions possibles et des interactions entre humains – non-humains, entre activités humaines, entre climat et biodiversité, etc. ; et distingue mal l’essentiel de l’anecdotique.

3 | La nécessité d’éviter les impacts, dans une réflexion précoce et en conjonction avec la planification écologique des territoires, gagnerait à être rappelée, faute de quoi, la stratégie risque de passer à côté d’un réel levier de diminution des pressions.

4 | La stratégie s’appuie sur une démarche descendante et peu transparente, sans capitaliser sur l’expertise scientifique et les connaissances locales.

5 | La stratégie comporte une forte incertitude quant à sa capacité à réformer, transformer, et sa volonté à engager certains dispositifs pour les rendre réellement efficaces.

6 | Si l’adhésion volontaire à certaines mesures permet d’entrevoir l’engagement d’une grande diversité d’acteurs, cela semble aussi restreindre le spectre du pouvoir transformateur de la stratégie ou le retarder.

7 | La stratégie gagnerait à prendre en compte la dépendance systémique des humains vis-à-vis de la nature.

8 | À faire le choix d’une diminution des ambitions, ou d’une rédaction consensuelles plutôt que d’identifier les “gagnants” et les “perdants” nécessitant d’être accompagnés, le succès de la stratégie risque d’achopper sur le statu quo, et de perdre en efficacité.

Les résultats de la recherche en appui à la décision, de l’international au national

En 2019, l’Ipbes sort son évaluation mondiale et appelle les États membres à engager un changement transformateur, via des actions, des mesures leviers.

  • Ce changement transformateur est entendu comme : « un changement fondamental à l’échelle d’un système, qui prend en considération les facteurs technologiques, économiques et sociaux, y compris en termes de paradigmes, objectifs et valeurs ».
  • Les leviers identifiés sont des points d’intervention clés permettant d’amorcer ce changement transformateur, pour passer des tendances actuelles de déclin de la biodiversité et de certains services écosystémiques, à des tendances plus durables.

 

Établies par de nombreux chercheurs et chercheuses des quatre coins de la planète et sur la base de milliers d’études scientifiques, les recommandations de l’Ipbes ont vocation à trouver un écho au sein de dispositifs pouvant être contraignants comme la Convention des Nations unies sur la diversité biologique (CDB) ou à d’autres échelles de gouvernance, notamment des États. En ratifiant la CDB en 1994, la France s’est engagée à établir des stratégies ou des plans d’action pour la biodiversité, conformément à un cadre international mis à jour par la conférence des Parties. Dans ce contexte, la troisième Stratégie nationale biodiversité à l’horizon 2030 (SNB3) constituera la réponse de la France au cadre mondial adopté en décembre 2022 et à la Stratégie européenne en faveur de la biodiversité à l’horizon 2030. 

 

Ces travaux ont également fait l’objet d’une publication scientifique :

Dupuis, L., Leandre, C., Langridge, J. et al. Analyzing the capacity to initiate transformative change: a methodology for assessing biodiversity strategies. Biodivers Conserv 32, 3641–3660 (2023). https://doi.org/10.1007/s10531-023-02660-5

 

[IENE] Le réseau lance le “Guide en ligne de la biodiversité et des infrastructures”

Caractéristiques clés du “Guide en ligne de la biodiversité et des infrastructures” :

 

  • Actions concrètes accélérées :

S’appuyant sur plus de 20 ans d’expérience, le “Guide de la biodiversité et des infrastructures” souligne le besoin urgent d’accélérer l’utilisation de mesures efficaces pour intégrer la biodiversité et les infrastructures de transport. Son objectif principal est d’offrir les dernières solutions et les meilleures pratiques pour relever les défis de protection de la biodiversité et d’adaptation au changement climatique. Encourageant des actions transformatrices, le “Guide de la biodiversité et des infrastructures” fournit des connaissances sur les mesures d’atténuation pour réduire les conflits et contribuer à la restauration de la nature. Il comprend des instructions détaillées sur les mesures visant à améliorer la connectivité écologique et à réduire les risques pour la faune, telles que les passages à faune, les clôtures et d’autres mesures innovantes.

 

  • Guide pour les praticiens :

Fournissant des directives pratiques et des normes applicables à toutes les phases du cycle de vie des infrastructures, le “Guide de la biodiversité et des infrastructures” est une ressource précieuse pour la conception, l’exploitation et la mise à niveau des infrastructures existantes. Avec 243 illustrations (comprenant des photos, des dessins techniques et des infographies), il renforce les messages et facilite la compréhension pour les utilisateurs du guide. Le guide souligne l’importance de l’amélioration continue et de l’adaptation basée sur les connaissances évolutives.

 

  • Sept chapitres complets :

Couvrant des concepts généraux, la politique et la planification, la hiérarchie de mitigation, l’intégration dans le paysage, les solutions, l’évaluation et le suivi, et la maintenance.

 

  • Collaboration interdisciplinaire :

Avec plus de 50 coauteurs, 30 relecteurs et de nombreux contributeurs issus des organisations de transport et d’écologie, cet effort collaboratif comble le fossé entre l’écologie et les infrastructures, en mettant en commun les connaissances d’experts pour améliorer la sécurité et la protection de la biodiversité. Le “Guide de la biodiversité et des infrastructures” vise à fournir des informations concises et facilement actualisables pour les professionnels au carrefour de l’écologie et des transports.

 

  • Un vocabulaire commun pour une compréhension mutuelle :

Brisant les silos, l‘IENE et PIARC ont créé un glossaire commun pour le “Guide de la biodiversité et des infrastructures”, favorisant la compréhension partagée entre les experts. Cette collaboration établit une base de compréhension mutuelle et de coopération entre les experts. Ce vocabulaire partagé est cruciale pour identifier les conflits, comprendre les forces motrices et accélérer l’application de solutions pour atténuer la perte de biodiversité.

 

  • Outil flexible et actualisable comprenant un portail d’accès aux directives européennes et mondiales :

Le format en ligne permet la flexibilité, offrant l’ajout, la mise à niveau ou l’extension de contenu. Il s’agit d’un document vivant ouvert à la réception des commentaires des utilisateurs concernant l’efficacité des mesures ou les solutions innovantes. Il comprend un “Portail des directives sur l’écologie des transports” pour un accès facile aux directives de différents pays.

 

 

Accéder au guide

 

 

L’IENE en bref :

L’IENE est un réseau qui promeut l’échange de connaissances, d’expériences et de meilleures pratiques dans le domaine de l’infrastructure de transport paneuropéenne sûre et durable. Ce réseau indépendant compte plus de 400 membres, parmi lesquels des chercheurs, des ingénieurs, des décideurs et des exploitants d’infrastructures. IENE fonctionne comme un forum international et interdisciplinaire. Il soutient la coopération transfrontalière dans la recherche, l’atténuation, la planification, la conception, la construction et la maintenance de la biodiversité et des infrastructures de transport.

[FRB-Cesab] Analyse de réseaux d’interactions en écologie – 2024

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et l’ANR EcoNet organisent la première édition de la formation “Analyse de réseaux d’interactions en écologie“. L’objectif de ce cours de cinq jours est de former de jeunes chercheur·e·s à l’analyse de données de réseaux écologiques.Ce cours contient une introduction générale sur les réseaux, les métriques classiques (dont la modularité, les niches et les clusters), les modèles nuls, les modèles génératifs (SBM), les réseaux à plusieurs niveaux, ainsi qu’un tour d’horizon des techniques plus nouvelles (comme l’imbrication). Chaque thème sera exploré à travers des cours puis suivi de sujets pratiques.
 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 22 au 26 avril 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Le prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Merci pour votre intérêt, les pré-inscriptions sont maintenant fermées.

Attention, le nombre de places étant limité, les dossiers retenus seront confirmés au mois de février.

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

[FRB-Cesab] Analyse théorique des données écologiques – 2024

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive organisent la troisième édition de la formation “Analyse théorique des données écologiques“. L’objectif de ce cours de cinq jours est de former de jeunes chercheur·e·s à la construction et à l’analyse de modèles mathématiques qui les aideront à mieux comprendre les données écologiques. Contrairement aux modèles purement statistiques, ce cours met l’accent sur une approche axée sur les processus et fondée sur l’écologie théorique. Le cours comprend une introduction générale à la modélisation en écologie et des sessions thématiques sur trois sujets d’intérêt (séries temporelles, données spatiales, réseaux d’interaction). Chaque sujet est exploré via des modèles mathématiques ainsi que des approches inférentielles et prédictives, avec un mélange de cours et de travaux pratiques.

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 11 au 15 mars 2024 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Le prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Les pré-inscriptions sont maintenant closes.

Si vous vous être pré-inscrit, le nombre de places étant limité, votre inscription sera confirmée en janvier après étude de votre dossier.

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA)
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem)
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris)
  • Claire JACQUET (CNRS, Isem)
  • Sonia KEFI (CNRS, Isem)
  • François MASSOL (CNRS, CIIL)

[actualité] Événement de lancement du programme de recherche scientifique sur les certificats de biodiversité

La plupart des experts de la biodiversité et de la conservation tels que les praticiens de l’écologie scientifique, académiques ou de la société civile, estiment savoir pour un endroit donné, quelles actions sont plus ou moins favorables à la biodiversité, suggérant qu’ils sont capables d’associer ces actions à un gain attendu de biodiversité. Nous faisons l’hypothèse que l’on peut ainsi quantifier le gain attendu de la mise en place de ces actions en s’appuyant sur le consensus entre experts.

 

Afin de tester la pertinence de cette hypothèse, le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) et Carbone 4 collaborent pour « Mesurer l’efficacité des actions favorables à la biodiversité par consensus d’experts ».

 

Rendez-vous à la soirée de lancement du Programme de recherche scientifique
sur les certificats de biodiversité

 

Le mardi 28 novembre 2024
De 17h30 à 20h30

 

Dans l’amphithéâtre Verniquet au Jardin des Plantes
du Muséum national d’Histoire naturelle

 

+ d’infos et inscription :
robin.almansa@fondationbiodiversite.fr

 

 

Ce projet a pour ambition de mettre au point et livrer :

  • une méthodologie pour remplir, pour un socio-écosystème donné, la grille des pratiques favorables à la biodiversité associées aux gains biodiversité évalués par consensus d’experts ;
  • le système d’information associé : une plateforme numérique de recueil de consensus et système de gestion de bases de données ;
  • des recommandations sur l’actualisation et l’utilisation d’une telle grille pour différents contextes ;
  • la grille remplie pour deux socio-écosystèmes tests d’Europe occidentale : terres arables et polyculture-élevage ; forêt exploitée.

 

 

Le rôle de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité dans ce programme sera de mobiliser l’expertise scientifique afin d’évaluer l’effet de pratiques sur la biodiversité dans le cadre des écosystèmes agricoles et forestiers tempérés. Les résultats de ce projet ont vocation à être diffusés largement pour inciter à mettre en œuvre la méthode dans d’autres contextes, pour d’autres écosystèmes.

 

 

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023

Les pré-inscriptions pour l’édition 2023 de cette formation sont désormais closes.

Attention, le nombre de places étant limité, l’inscription finale vous sera confirmée courant septembre 2023.

 
 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le RT EcoStat proposent la cinquième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 20 novembre au 24 novembre 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2023

Les pré-inscriptions pour cette formation sont maintenant fermées.

 

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB propose la deuxième édition de la formation « La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques ».

 

Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec les différents outils disponibles à la fois bibliographiques (comme WOS, Zotero/Mendeley/Endnote) et statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor, etc.) nécessaires pour entreprendre une revue et méta-analyses.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 octobre 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 150 € pour la semaine  – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revues systématiques.

 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

Autres intervenants (Guest speaker) : Frédéric GOSSELIN (INRAE)

[FRB-Cesab] Approche théorique pour l’étude de la biodiversité : lier modèles mathématiques et données – 2023

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive proposent la seconde édition de la formation « Approche théorique pour l’étude de la biodiversité : lier modèles mathématiques et données ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux techniques de modélisation mathématique (équations différentielles, Lotka-Volterra, matrices Jacobiennes, etc.) ainsi qu’à l’interface statistique entre modèles et données de biodiversité. 

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 3 au 7 avril 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 100 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA) 
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem) 
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris) 
  • Claire JACQUET (CNRS, Isem) 
  • Sonia KEFI (CNRS, Isem)
  • François MASSOL (CNRS, CIIL) 

 

[Décryptage] Un véritable tournant en faveur de la synthèse de connaissances dans le domaine des sciences de l’environnement

De la curiosité scientifique à l’élaboration d’une politique spécifique, le recours à ces méthodes intervient lorsqu’est identifié un besoin de disposer de “preuves”, d’un état des connaissances relatif à une question préoccupante, d’intérêt sociétal ou scientifique. Les questions peuvent alors se présenter sous des formes diverses, dépendant de la réponse recherchée : quels sont les impacts de l’exposition aux facteurs de stress anthropogéniques ? Quelle est l’efficacité d’une intervention de gestion ? Quelle est la pertinence d’une méthode donnée ? Quelles options de gestion optimales existent ?

 

Dernièrement, la Collaboration for Environmental Evidence (CEE) – un réseau de structures et d’experts individuels créé en 2007 – a fait un grand pas en faveur d’une plus grande acceptation des différentes méthodes de synthèses de connaissances. Pour mieux comprendre le rôle de cette instance et cette actualité : entretien avec Joseph Langridge, chargé de mission à la FRB, spécialiste des “synthèses de connaissances”.

 

 

Avant de parler de la CEE et des dernières actualités, pouvez-vous nous en dire plus sur les enjeux liés à la synthèse de connaissance ?

 

La quantité d’articles scientifiques et de connaissances disponibles n’a jamais été aussi importante. Face à ce constat et au besoin de réunir un maximum d’informations sur une pathologie, c’est par la médecine que les méthodes de synthèse de connaissances ont émergé (Cochrane Collaboration). Elles ont d’abord trouvé un écho du côté des sciences sociales (The Campbell Collaboration), puis des sciences de l’environnement (Collaboration for Environmental Evidence).

Il est aussi intéressant de noter que ces diverses méthodes sont particulièrement plébiscitées par les parties prenantes. Entre leur besoin d’éclairage scientifique sur des sujets précis et dans un temps relativement court, et le temps de la recherche qui se compte lui en années, certaines de ces méthodes peuvent permettre un compromis en apportant parfois en quelques mois seulement des éléments solides, basés sur l’existant, répondant à la fois aux exigences de la rigueur scientifique et aux besoins d’éclairages des acteurs et décideurs.

 

 

Alors, quelles sont ces deux avancées ?

 

La première nouvelle importante est la publication par la CEE de guidelines, lignes directrices, pour la réalisation de revues rapides de la littérature. C’est une avancée majeure puisque pour arriver à ce document, cela a nécessité des débats au sein du réseau afin d’interroger les risques de biais, la pertinence, la nécessité de ce format, etc. Jusqu’à présent, la méthode était utilisée, mais sans standard stricto sensu. Désormais, le document publié par la CEE va permettre d’harmoniser les pratiques et faire référence pour garantir la légitimité des résultats obtenus.

 

La deuxième avancée majeure est la création, par la CEE en partenariat avec l’Institut Julius Kühn, d’une base de données nommée Proceed qui a pour but de recenser et de publier les protocoles simplifiés dont font parties les revues rapides de la littérature. Là encore, jusqu’à présent, le processus de publication dans la revue Environmental Evidence était long et relativement décourageant pour certains scientifiques qui devaient dans un premier temps faire évaluer leur méthode dans une revue puis recommencer le processus pour l’article dans cette même revue.

 

À présent, Proceed – qui est un service gratuit – donne l’opportunité aux auteurs d’enregistrer des protocoles pour tout type de synthèse de connaissances, des revues systématiques aux cartes systématiques, en passant par les revues rapides de la littérature et d’autres formes de revues agrégées (comme les méta-analyses) et configuratives (comme le mapping ou le scoping c’est-à-dire des méthodologies structurées par étapes, pour décrire l’état de l’art de la littérature). C’est dans le but d’améliorer la rigueur des synthèses de connaissances, où qu’elles soient publiées, que la CEE a mis en place ce nouveau service. Il n’y a donc ensuite aucune restriction quant à la revue dans laquelle les résultats des synthèses de connaissances peuvent être publiés. Par ailleurs, les auteurs peuvent soumettre des protocoles à Proceed en utilisant les modèles fournis pour chaque méthode de synthèse. Ainsi, les soumissions ne font pas l’objet d’une évaluation par les pairs stricto sensu, mais seront tout de même vérifiées par une équipe d’experts, et pourront être renvoyées pour révision avant acceptation. Enfin, autre point intéressant : tous les protocoles acceptés recevront un DOI et seront téléchargeables et citables.

 

 

En résumé, ces avancées vont changer les pratiques des chercheurs et des chercheuses. Elles vont leur permettre de promouvoir leurs travaux plus confortablement, en renseignant leur méthode sur la base de données et proposant leur article à la revue de leur choix. 

 

En savoir plus sur Proceed

La base Proceed fournira une ressource en libre accès de titres et de protocoles de tout type de méthodes (cartes systématiques, revues systématiques, méta-analyses, rapid reviews, etc.). Les auteur·es peuvent s’inscrire et télécharger leurs titres et protocoles en utilisant les modèles. Tout est réfléchi pour que le processus soit accéléré pour tous (auteur·es et évaluateur·trices). L’atout majeur permis par la création de cette base de données, c’est que l’on pourra publier son protocole dans Proceed puis publier son article scientifique dans la revue de son choix… ce qui était jusqu’à présent difficile, méthode et article devant chacun passer l’étape de l’évaluation par les pairs au sein d’un même journal.

 

Avec Proceed, plusieurs options existent en réalité :

1. Enregistrer un protocole dans Proceed, puis soumettre un protocole et un article de résultats évalués par les pairs à Environmental Evidence.

2.Enregistrer un protocole dans Proceed, puis soumettre votre article de résultats (c’est-à-dire carte, revue, revue rapide, etc.) à Environmental Evidence.

3. Enregistrer un protocole dans Proceed, puis soumettre l’article sur les résultats dans la revue de votre choix.

4. Enregistrer un protocole dans Proceed, puis publier dans un format de rapport technique non commercial (i.e. littérature grise).

 

Comme indiqué dans l’interview, les protocoles simplifiés de Proceed sont évalués, et une fois acceptés, un DOI leur est attribué.

 

C’est un vrai bond en avant en faveur de la synthèse de connaissances dans les sciences de l’environnement ! 

[Formation] Ouverture des pré-inscriptions pour la formation “Approche théorique pour l’étude de la biodiversité : lier modèles mathématiques et données” – 2023

Cette formation de cinq jours, organisée par le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive, a pour objectif de former de jeunes chercheurs et chercheuses aux techniques de modélisation mathématique (équations différentielles, Lotka-Volterra, matrices Jacobiennes, etc.) ainsi qu’à l’interface statistique entre modèles et données de biodiversité.
 
 
Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 3 au 7 avril dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 100 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. 

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le mercredi 8 février, à minuit (CET). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées en février.

 

 

Pré-inscription et programme

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2022

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR EcoStat proposent la quatrième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, R Markdown, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité. L’IDE RStudio sera utilisée tout au long de la formation.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 28 novembre au 2 décembre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 200 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

Le GdR EcoStat propose une aide financière à celles et à ceux dont les fonds disponibles ne seraient pas suffisants. Ces bourses s’adressent en priorité aux doctorant.e.s et aux post-doctorant.e.s. Pour en bénéficier, le/la participant devra appartenir à un laboratoire membre du GdR. Le montant de l’aide financière octroyée dépendra du nombre de demandes. 

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

[FRB-Cesab] La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques – 2022

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité –de la FRB propose la première édition de la formation «La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques».
 
Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Ce sera aussi l’occasion de se familiariser avec les différents outils disponibles à la fois bibliographiques (e.g.,WOS; Zotero/Mendeley/Endnote) et statistiques (packages R : metaDigisitise, metafor…) nécessaires pour entreprendre une revue et méta-analyses.
 
Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 3 au 7 octobre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix sera de 350 € pour la semaine  – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise mais il n’est pas nécessaire d’avoir une expérience en méta-analyses ou en revue systématiques.

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :

 

Autres intervenants : Dakis-Yaoba OUEDRAOGO, Romain SORDELLO, Frédéric GOSSELIN.

[Communiqué] Une nouvelle méthode pour évaluer la vulnérabilité des écosystèmes et protéger la biodiversité

Alors que les États se sont engagés à créer des zones protégées sur au moins 30 % de leurs territoires terrestres et maritimes d’ici 2030, une équipe de recherche internationale a mis au point un nouvel outil permettant de quantifier la vulnérabilité des communautés d’espèces. Associé aux futures études d’évaluation des risques pour les écosystèmes, cet outil devrait aider les décideurs à définir les priorités de gestion et à orienter les efforts de protection là où ils sont le plus nécessaires. Définir des stratégies de conservation appropriées est un objectif difficile à atteindre, notamment en raison de la complexité des menaces et des réponses des espèces, ainsi que des limitations budgétaires. Pour surmonter ce défi, l’équipe de scientifiques, dont des chercheurs du CNRS, de l’Ifremer, de l’IRD et d’organisations internationales, a simulé la réponse des communautés d’espèces à un large éventail de perturbations, pour fournir une estimation robuste de leur vulnérabilité dans un monde où les menaces futures sont diverses et difficiles à prévoir.

 

Quantifier la vulnérabilité de la biodiversité est crucial pour sauvegarder les écosystèmes les plus menacés. Publié dans Nature Communications le 1er septembre 2022, ce nouvel outil se distingue des travaux précédents car il estime le degré de changement de la diversité fonctionnelle, c’est-à-dire la biodiversité et les fonctions associées des écosystèmes, lorsqu’elle est exposée à des pressions multiples. Il a été développé dans le cadre de deux projets financés par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) au sein de son Centre de synthèse et d’analyse de la biodiversité (Cesab) et avec le soutien d’Électricité de France (EDF) et de France Filière Pêche (FFP).

 

 

Consultez le communiqué complet

[Formation] Ouverture des inscriptions pour la formation 2022 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 28 novembre au 2 décembre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 200 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant.e.s.

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le mardi 26 juillet, à minuit (CEST). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées en septembre.

 

 

Pré-inscription et programme

 

[Appel à prestataire] Nomination d’un prestataire pour la réalisation d’une synthèse bibliographique sur le rôle de la biodiversité dans les solutions fondées sur la nature

Au service de l’objectif “Connecting R&I programs, results and experts to policy” de Biodiversa+, la sous-tâche 4.1.2 “Desk studies and production of knowledge syntheses” de Biodiversa+, pilotée par la Fondation française pour la recherche sur la biodiversité (FRB), publie un maché pour la réalisation d’une scoping review afin de résumer l’état des connaissances sur le rôle de la biodiversité dans les Solutions fondées sur la Nature (SFN). La FRB nommera le bénéficiaire – après le processus d’évaluation/sélection – le 1er juillet 2022.

 

  • Date de clôture des candidatures : 22 juin à minuit.
  • Toutes les réponses à ce marché devront être en anglais et envoyées par email à :

Joseph LANGRIDGE <joseph.langridge@fondationbiodiversite.fr>avant cette date butoir, ajoutant en copie Cécile MANDON <cecile.mandon@fondationbiodiversite.fr>.

 

Plus d’informations :

 

Consulter le cahier des charges

 

 

[Formation] Ouverture des inscriptions pour la formation “La synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques” – 2022

Cette nouvelle formation de cinq jours, organisée par le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité –de la FRB,  a pour objectif de former de jeunes chercheurs/chercheuses aux techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. 
 
Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 3 au 7 octobre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. 

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le vendredi 24 juin, à minuit (CEST). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées en juillet.

 

 

Pré-inscription et programme

[FRB-Cesab] Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité – 2022

 
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive proposent la première édition de la formation « Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux techniques de modélisation de données en écologie basées sur la théorie. 

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 16 au 20 mai 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise. 

 

Liste des organisateurs (par ordre alphabétique) :
  • Vincent CALCAGNO (INRAE, ISA) 
  • Emanuel FRONHOFER (CNRS, Isem) 
  • Isabelle GOUNAND (CNRS, iEES-Paris) 
  • François MASSOL (CNRS, CIIL) 

 

Autres intervenants : Matthieu BARBIER, Maxime DUBART, Claire JACQUET, Benjamin ROSENBAUM 

[Évaluation] Les cartes des pressions publiées par l’ONB évaluées

En 2021, dans la continuité des travaux menées depuis 2012, ce sont les cartes des pressions publiées en 2019 par l’ONB qui ont fait l’objet d’une évaluation scientifique, en vue de leur mise à jour courant 2022 puis de manière récurrente. L’idée a été d’évaluer à la fois la méthode employée et les données, pour améliorer les cartes actuelles et apporter des changements majeurs. 

 

Il a donc été demandé aux experts sollicités d’évaluer : 

  • la carte centrale ; 
  • les cartes spécifiques présentées en encarts, à savoir : changement climatique, destruction des habitats, espèces exotiques envahissantes, fragmentation du territoire, pollutions, et surexploitation des ressources ;
  • les cartes outre-mer réalisées à dire d’experts. 
  •  
  •  

Ceux-ci avaient pour consigne de faire des propositions de recommandations et d’améliorations dans la construction de ces cartes (indicateurs et jeux de données potentiels à mobiliser sous-jacents), pour les pressions à intégrer, les représentations graphiques, etc. 

 

À ce titre, et sur la base des travaux antérieurs réalisés par la FRB en partenariat avec l’ONB sur les indicateurs de biodiversité, des grilles d’évaluation ont été développées et déclinées spécifiquement pour chaque type de carte à évaluer. 

 

Chaque carte a été évaluée par deux à sept experts, les experts travaillant indépendamment les uns des autres. Des synthèses narratives (compilation et simplification des propos) ont ensuite été rédigées. Elles ont par la suite été relues et corrigées par les experts évaluateurs avant un atelier final de restitution, organisé début 2022. Celui-ci a permis des échanges directs entre les experts mobilisés et les membres de l’ONB.  

Ce travail devrait s’inscrire dans la durée afin de suivre les évolutions futures apportées à ces différentes cartes. 

 

Retrouvez toutes les informations et rapports sur le travail de la FRB dans le cadre de sa mission avec l’ONB. 

[Formation] Ouverture des inscriptions pour la formation “Approche théorique pour l’analyse des données sur la biodiversité” – 2022

Cette nouvelle formation de cinq jours, organisée par le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR TheoMoDive, a pour objectif de former de jeunes chercheurs et chercheuses aux techniques de modélisation de données écologiques basées sur la théorie.

 

Cette formation sera dispensée en anglais et se déroulera du 16 au 20 mai 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. 

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le lundi 14 février, à minuit (CET). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées en mars.

 

 

Pré-inscription et programme

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021

Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
 
 
Son prix est de 300 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. Des bourses peuvent être octroyées à certains participants (d’un montant n’excédant pas le prix d’inscription) : une bourse de la part de la FRB et une bourse du GdR EcoStat (pour les étudiants appartenant à un laboratoire membre du GdR). Cette formation, dispensée en français, s’est déroulée du 29 novembre au 3 décembre 2021 dans les locaux du Cesab à Montpellier. 

 

La formation peut être créditante pour les étudiants inscrits au doctorat dans les écoles doctorales suivantes :          

  • GAIA (Montpellier)
  • EGAAL (Rennes)
  • ABIES (Paris)
  • Sciences et agrosciences (Avignon)
  • SEVAB (Toulouse) 
  • Sciences de l’environnement (Aix en Provence)
 
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • Loreleï GUÉRY (Cirad Phim)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

[BiodivERsA] Découvrez la cartographie BiodivERsA des infrastructures de recherches européennes sur la biodiversité

 

Cette cartographie permettra aux chercheurs et financeurs européens d’avoir une meilleure visibilité sur les infrastructures existantes dans ce domaine en Europe (y compris aux Açores et Îles Canaries).

 

Les infrastructures de recherche existantes sur la biodiversité et les services écosystémiques en Europe (aux échelles régionales, nationales et locales) sont listés dans cette brochure. La brochure inclut notamment une fiche sur les infrastructures existantes au niveau français.

 

 

Consulter la brochure (en anglais)

 

[Formation] Ouverture des inscriptions pour la formation 2021 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions appliqués à la recherche en biodiversité.

 

La formation, dispensée en français, se déroulera du 29 novembre au 3 décembre 2021 dans les locaux du Cesab à Montpellier. La formation est maintenant créditante pour certaines écoles doctorales, retrouvez la liste sur la page de l’événement.

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le samedi 31 juillet, à minuit (CEST). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées la première semaine de septembre.

 

 

Pré-inscription et programme

 

Indicateurs et outils de mesure : évaluer l’impact des activités humaines sur la biodiversité ? La FRB présente ses recommandations

La Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) s’est emparée de cet enjeu et publie, en collaboration avec l’Office français de la biodiversité (OFB), un rapport compilant les résultats d’une enquête menée auprès des parties prenantes, d’une évaluation scientifique d’outils de mesure intégratifs, d’ateliers réunissant acteurs et concepteurs d’outils, ainsi que les échanges issus d’un colloque.

 

À la lumière de ces travaux, la FRB propose trois constats et une série de recommandations visant à améliorer ces indicateurs et leur appropriation par les acteurs :

 

  • Les questions liées à la biodiversité tiennent compte à la fois de la diversité de ses dimensions, de la complexité du fonctionnement du vivant et de la multiplicité des enjeux sociaux associés. Il ne peut, de ce fait, pas exister d’indicateur unique tel que l’équivalent carbone développé dans la lutte contre le changement climatique.

 

  • Deuxième constat, des outils existent d’ores et déjà. Sept indicateurs et outils de mesure utilisés par le monde économique, la société civile, à l’échelle internationale, sont comparés, dégageant leurs forces et leurs faiblesses. Les acteurs s’en emparant doivent s’en servir tout en ayant conscience de leurs limites, et en dialoguant avec les concepteurs pour les améliorer.

 

  • Troisième constat, des indicateurs et outils sectoriels sont également essentiels, permettant ainsi des comparaisons au sein de ces mêmes secteurs. De tels instruments doivent venir en complément d’outils de mesure intégratifs.

 

L’ampleur du travail restant à accomplir est importante, mais il est nécessaire de progresser rapidement alors que la question des indicateurs est au cœur de la préparation de l’agenda post-2020 et des engagements de la future COP 15. Concepteurs, chercheurs et acteurs doivent y travailler de concert. À ce titre, la FRB met en avant une série de recommandations, de démarches à adopter pour améliorer les indicateurs et outils de mesure existants et mieux intégrer la complexité du vivant et de nos relations au sein de ce vivant. Parallèlement, et de manière pragmatique, une veille sur la pertinence et la qualité des différents indicateurs et outils de mesure serait utile à l’ensemble des acteurs.

 

De son côté, l’OFB au travers de ses programmes de mobilisation des acteurs économiques, associatifs et institutionnels intitulés « Engagés pour la Nature » accompagne l’ensemble des parties prenantes et les encourage à agir.

 

« Entreprises Engagées pour la nature – Act4nature France » regroupe d’ores et déjà plus d’une centaine d’entreprises, de toutes tailles, opérant dans des secteurs d’activités et des territoires variés qui au travers des plans d’actions déploient des actions concrètes afin de faire évoluer leurs modèles d’affaire en y intégrant des enjeux de biodiversité.

 

« Partenaires engagés pour la nature » a permis de valider l’engagement de réseaux et fédérations professionnelles ainsi que d’associations qui se mobilisent afin de former et d’outiller leurs adhérents au travers la mise en partage de bonnes pratiques.

 

 

Consultez le rapport complet

[Expertise et synthèse] Indicateurs et outils de mesure : évaluer l’impact des activités humaines sur la biodiversité ?

La Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) s’est emparée de cet enjeu et publie, en collaboration avec l’Office français de la biodiversité (OFB), un rapport compilant les résultats d’une enquête menée auprès des parties prenantes, d’une évaluation scientifique d’outils de mesure intégratifs, d’ateliers réunissant acteurs et concepteurs d’outils, ainsi que les échanges issus d’un colloque.

 

 

En savoir plus

Indicateurs et outils de mesure : évaluer l’impact des activités humaines sur la biodiversité ?

Des indicateurs de biodiversité et outils de mesure ont été développés dès les années 1990. Trois décennies plus tard, où en est-on ? Peut-on désormais répondre aux attentes fortes des acteurs de la société et des conventions nationales et internationales ? Et pour aller plus loin, que penser des analyses de cycle de vie, des labels de pratiques durables, en termes de pêche, déforestation, etc. ?

 

La Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) s’est emparée de cet enjeu et publie, en collaboration avec l’Office français de la biodiversité (OFB), un rapport compilant les résultats d’une enquête menée auprès des parties prenantes, d’une évaluation scientifique d’outils de mesure intégratifs, d’ateliers réunissant acteurs et concepteurs d’outils, ainsi que les échanges issus d’un colloque.

 

Le rapport complet ainsi que l’annexe avec les évaluations scientifiques de sept indicateurs et outils de mesure sont disponibles dans les ressources téléchargeables.

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Les frais d’inscription s’élèvent à 100 € pour la semaine et serviront à indemniser les intervenants. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent solliciter une aide financière de la part du GDR.

 

La formation, dispensée en français, s’est déroulée du 2 au 6 novembre 2020. 

 

Vous pouvez accéder à la présentation de la formation ainsi qu’aux codes R. 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

 

[FRB-Cesab] La formation ecoinfofair2020 est accueillie au Cesab

Dans le cadre de l‘infrastructure de recherche “Pôle national des données de biodiversité” (PNDB), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée (en anglais FAIR : Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) mais plus généralement des objets de recherche en écologie, proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, “aussi FAIR et open que possible”.

 

Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement LOGiciel au sein de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche), le PNDB organise une seconde action ouverte à tous de type atelier de travail  incluant un aspect formations introductives.

 

Cette seconde action se déroule du 19 au 21 octobre en distanciel multisites (Concarneau, Paris et au Cesab à Montpellier) et permet de poursuivre la mise en place d’un tel événement annuel dédié aux communautés en écologie.

 

 

Plus d'informations

[Publication] Découvrez le guide des méthodes d’expertise

L’Office français de la biodiversité (OFB) et la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) ont travaillé de concert pour produire un guide sur les méthodes d’expertise. Ce document se définit comme un outil opérationnel d’aide au choix de la méthode d’expertise, tant dans la sphère publique que privée.

 

 

En savoir plus

Guide des méthodes d’expertise

Dans un monde où les résultats des recherches scientifiques sont de plus en plus nombreux et complexes, où les spécialistes sont invités à s’exprimer de plus en plus souvent et portent des messages parfois contradictoires, le choix de la méthode d’expertise, et donc de la façon dont les connaissances sont mobilisées et analysées est crucial.
Donner confiance dans les résultats des expertises, en connaître les limites, respecter le principe de transparence font partie des objectifs du guide « Méthodes d’expertises » pour répondre à l’impératif de crédibilité du processus d’expertise et des résultats obtenus.

 

L’Office français de la biodiversité (OFB) et la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) ont travaillé de concert pour produire ce guide qui se définit comme un outil opérationnel d’aide au choix de la méthode d’expertise, tant dans la sphère publique que privée.

 

 

Télécharger le guide sur les méthodes d’expertise ainsi que le dépliant synthétique dans les ressources téléchargeables. 

[Formation] Ouverture des inscriptions pour la formation 2020 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions appliqués à la recherche en biodiversité.

 

La formation, dispensée en français, se déroulera du 2 au 6 novembre 2020 dans les locaux du Cesab à Montpellier.

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le vendredi 17 juillet, à minuit (CEST). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées la première semaine de septembre

 

 

Le Label bas-carbone

Le Label bas-carbone est présenté par le ministère de la Transition écologique et solidaire (MTES) comme un outil permettant la mise en place d’un cadre innovant et transparent offrant des perspectives de financement à des projets locaux de réduction des émissions de gaz à effet de serre. Il permettrait ainsi, selon sa présentation, d’accompagner la « transition écologique » à l’échelon territorial, en récompensant les comportements « positifs » allant au-delà des pratiques usuelles. Son mécanisme est d’identifier et de labelliser des projets « vertueux pour le climat et l’environnement » afin que des collectivités, des entreprises, et même des citoyens, puissent mobiliser des financements en faveur de ces actions sur une base volontaire, par exemple pour compenser leurs émissions résiduelles. L’enjeu du label est donc de pouvoir garantir que les projets concourent effectivement à la réduction des gaz à effet de serre, ce qui est relativement facile à évaluer, mais également qu’ils participent à la transition écologique, ce qui voudrait dire, entre autres, qu’ils n’ont alors pas d’impacts négatifs sur la biodiversité.

 

Le Conseil scientifique (CS) de la FRB a souhaité s’exprimer sur ce label au travers d’une note, à découvrir dans les ressources téléchargeables ci-dessous.

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2019

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent une formation sur cinq jours intitulée “Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique”. L’objectif de cette formation est de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse) appliqués à la recherche en biodiversité.
 
Cette formation, dispensée en français, sera ouverte aux jeunes chercheurs / chercheuses évoluant dans le domaine de la biodiversité (doctorant(e)s, post-doctorant(e)s, ingénieur(e)s). Le prix de la formation s’élève à 350 € pour la semaine et inclut les repas du midi. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent, solliciter une aide financière de la part du GDR.
 
 
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • Loreleï GUÉRY (IRD Marbec)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

[Journées FRB 2019] Indicateurs et outils de mesure – Évaluer l’impact des activités humaines sur la biodiversité ?

« Plus d’un million d’espèces menacées », c’est le chiffre qui a marqué les esprits cette année, au moment de la sortie du rapport de l’Ipbes sur l’état mondial de la biodiversité et des services écosystémiques. Pertes et dégradations d’habitats, surexploitations ou encore pollutions sont autant de pressions induites ou accentuées par les activités humaines qui pèsent aujourd’hui considérablement sur la biodiversité. Le constat est désormais posé et la question de la mesure des impacts de nos activités, qui joue un rôle clé pour passer à l’action, est plus que jamais d’actualité.

 

Dans un contexte où la France accentue son engagement pour limiter ses impacts négatifs sur la biodiversité, au travers notamment du Plan Biodiversité, et participe à la préparation de la COP15 et de l’agenda post-2020 pour la biodiversité, les différents acteurs de la société ont aujourd’hui besoin d’indicateurs et d’outils de mesure. Les acteurs publics et privés, les décideurs politiques et économiques qui s’engagent, à l’échelle d’un territoire ou d’un pays, à estimer et limiter leurs impacts sur la biodiversité, sont en quête de réponses.

 

Les Journées FRB 2019 ont été l’occasion d’ouvrir la question de la mesure des impacts des activités humaines sur la biodiversité et d’informer sur des indicateurs et outils de mesure existants, leur utilisation actuelle et explorer ensemble leur potentiel d’appui à la décision en faveur de la biodiversité. Elles se sont tenues sur deux jours : une journée d’ateliers mardi 1er octobre, suivie d’une journée plénière mercredi 2 octobre. 

 

Retrouvez, dans les ressources téléchargeables ci-dessous :

  • Le programme de la journée plénière ainsi qu’un glossaire,
  • Les présentations de Sébastien Barot et Harold Levrel,
  • Un aperçu de la restitution des ateliers, 
  • Le compte-rendu de Frédéric Denhez.

 

Une publication reprenant l’ensemble du travail effectué autour des journées FRB 2019 devrait voir le jour en 2020.

Actias | Patrons globaux de diversité, distribution et singularité évolutive chez les insectes

Le projet Actias est issu de l’observation que les études à large échelle visant à documenter les patrons spatio-temporels de biodiversité et à comprendre leur origine et leur devenir sont fondamentalement biaisées vers les vertébrés et les plantes. Ceci laisse les insectes – bien que représentant la grande majorité des organismes pluricellulaires de la planète – largement sous-étudiés à cette échelle. Pourtant, les insectes sont des éléments clés des écosystèmes et nous commençons seulement à mesurer à quel point l’impact des changements globaux sur leurs espèces et leurs populations est sévère.

 

Les études de biodiversité à grande échelle ont récemment bénéficié grandement de l’extraordinaire développement des infrastructures, des méthodes et des outils pour la gestion et l’analyse de très gros jeux de données. Ces analyses de « Big Data » ont ainsi stimulé d’importantes avancées dans les domaines de la macroécologie, la biogéographie et la biologie évolutive, et elles ont nourri des politiques de conservation mieux documentées dans un monde que nous voyons malheureusement s’engager dans une période qualifiée de « 6ème extinction ».

 

Le projet Actias avait pour objectif de :

  • proposer deux familles de Lépidoptères – Saturniidae et Sphingidae – comme les premiers modèles pour l’étude à l’échelle globale de la diversité des espèces chez les insectes ;
  • réaliser les premières analyses à grande échelle chez des insectes des patrons macroécologiques et des processus qui les gouvernent ;
  • informer et comprendre le devenir de la diversité des insectes et aider à proposer des stratégies de conservation adaptées.

 

[Évaluation] Une nouvelle série d’indicateurs de l’ONB évaluée

L’élaboration et la publication des indicateurs de l’Observatoire national de la biodiversité (ONB) s’inscrivent dans une dynamique d’évaluation et d’amélioration continue depuis 2012.

La Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) a pour mission de réaliser une évaluation scientifique externe et transparente des indicateurs disponibles. Les résultats de ces évaluations sont mis en ligne dans leur intégralité et sans modification, ils offrent aux acteurs un diagnostic précis de la qualité des indicateurs et de leur documentation.

 

En 2018, la FRB a eu en charge une troisième vague d’évaluations scientifiques des indicateurs de la Stratégie nationale de la biodiversité de l’ONB. Ce sont ainsi une vingtaine d’indicateurs qui ont pu bénéficier d’une analyse critique grâce à l’expertise d’un pool d’experts-évaluateurs sollicités pour l’exercice.

Ce travail est désormais publié et accessible sur le site de l’ONB.

 

Retrouvez toutes les informations et rapports sur le travail de la FRB dans le cadre de sa mission avec l’ONB. 

Évaluation scientifique des indicateurs : le développement d’une méthode originale

Par les échanges réguliers avec l’ONB, par l’apport d’évaluateurs externes et par une démarche d’amélioration constante, la FRB a développé jusqu’à aujourd’hui une expertise et une méthode innovante d’évaluation des indicateurs qui a permis de :

  • développer une méthodologie adaptée à ce type d’exercice, utilisable dans d’autres cas ;
  • mettre en lumière des manques en matière de recherche appliquée aux indicateurs de biodiversité.

 

Cette méthode a permis d’évaluer 73 indicateurs et est consultable dans le document consultable ci-dessous : « Évaluation scientifique des indicateurs : le développement d’une méthode originale. Le cas des indicateurs de l’Observatoire national de la biodiversité »

La revue systématique

  • Face à l’abondance d’informations, parfois contradictoires, comment faire le tri ?
  • Sur quelles connaissances faire reposer sa décision ?
  • Quelles solutions appliquer efficacement selon les circonstances ?
  • Comment sortir des querelles d’experts et des conflits d’intérêt ?

 

Une revue systématique consiste à collecter le maximum de connaissances, en réponse à une question structurée, puis à en réaliser une évaluation critique et une synthèse afin que son utilisateur puisse se faire une idée de l’état des savoirs et décider en toute connaissance de cause.

La méthode Delphi

La consultation d’experts est une méthode très courante pour obtenir des avis et des arguments pour étayer une décision. Néanmoins, le faire sans méthodologie rigoureuse expose à des critiques ou favorise les querelles d’experts.

 

La méthode Delphi a été développée pour pallier ces risques. Elle permet de consulter individuellement et de façon anonyme un grand nombre d’experts (ou de parties prenantes) sur un sujet précis, tout en garantissant la libre expression de chacun. La méthode Delphi fait appel à l’intelligence collective : chaque expert prend connaissance des avis des autres et par ce processus peut revoir ses arguments et ses positions, mais chaque avis reste anonyme et les experts n’interagissent jamais directement. Ainsi se bâtit soit un consensus, soit l’évidence d’une diversité d’avis dont le décideur pourra tenir compte.

L’APA pas à pas

Cette nouvelle réglementation encadre les activités de recherche et de développement réalisées sur les ressources génétiques prélevées sur le territoire français ainsi que celles menées à partir de connaissances traditionnelles associées, détenues par les communautés d’habitants présentes en outre-mer (Guyane et Wallis et Futuna).

 

Chercheur caractérisant des ressources génétiques en forêt ou en mer, biologiste en quête de nouvelles espèces aux propriétés intéressantes pour une entreprise cosmétique, microbiologiste travaillant sur des virus, bactéries ou parasites, sélectionneur de plantes, gestionnaire d’un centre de ressources diffusant des échantillons, ethnobiologiste recensant les pratiques médicinales d’une communauté d’habitants ou encore communauté autochtone et locale ayant des connaissances sur une plante, l’APA vous concerne.

 

Le guide “L’APA pas à pas” est consultable en ligne ou téléchargeable ci-dessous. Conçu sur la base du guide L’APA pas à pas, le dépliant téléchargeable également ci-dessous propose des repères pour la compréhension et l’application du principe d’accès et de partage des avantages par les utilisateurs.

Betsi | Invertébrés du sol : traits fonctionnels et bio-indicateurs

La faune du sol est d’une incroyable diversité puisqu’on estime qu’elle représente environ 80 % de la biodiversité animale. Tous ces organismes vivants interagissent fortement avec le milieu dans lequel ils évoluent et assurent des services indispensables en jouant notamment un rôle important dans le fonctionnement du système sol-plante. Parfois véritables « ingénieurs », leurs actions sur les sols sont aussi bien physiques et chimiques que biologiques. Ils modifient sa structure et contrôlent la biodisponibilité de l’eau et des éléments chimiques utiles ou toxiques pour les plantes. Ils établissent des relations mutualistes avec la microflore mais sont aussi, comme les communautés de lombriciens, des témoins de la qualité des sols. L’accroissement des pressions exercées par les activités humaines et les changements climatiques menacent la biodiversité du sol. On observe, par exemple, une diminution de 20 à 90 % de la biomasse de lombrics en trois ans lors de la mise en culture d’une prairie.

 

Le projet FRB-CESAB Betsi :

  • organise une base de données sur les traits fonctionnels de nombreuses espèces animales du sol,
  • étudie la réponse des organismes du sol face à des facteurs environnementaux, telles les pressions exercées par les activités humaines : pollution, usage des sols,
  • permet le développement d’un outil de bioindication du sol, utilisable par différents acteurs.

L’originalité de ce projet réside dans le développement d’une base de données exceptionnelle sur cette face cachée de la biodiversité. La pluridisciplinarité du consortium permet une large étude de ces organismes. 

 

 

Ce document synthétise en quelques pages le contexte et les objectifs du groupe, les méthodes et approches utilisées, les principales conclusions ainsi que l’impact pour la science, la société, la décision publique et privée.

Quels indicateurs pour suivre la diversité génétique des plantes cultivées ?

Face aux exigences d’une agriculture durable et aux changements globaux, nous devrons mieux préserver et utiliser la diversité génétique des espèces agricoles. Leur diversité est un élément clé du devenir des agroécosystèmes. Les principaux textes internationaux (CDB, FAO) et nationaux (SNB) portant sur la biodiversité, soulignent que les changements de diversité biologique restent mal caractérisés, notamment pour les plantes cultivée.

 

La FRB propose un « tableau de bord » d’indicateurs inédit : Pour la première fois, ce tableau de bord intègre des données génétiques et des données de répartition des variétés de blé sur le territoire français au cours du XXe siècle. Vous pouvez retrouver le rapport complet, le résumé de l’étude et les annexes en téléchargement ci-dessous.

 

  • Les résultats

 

Cette étude montre une homogénéisation de la diversité génétique cultivée, qui s’explique par la disparition de la diversité à l’intérieur des variétés cultivées au cours du XXe siècle. Cette homogénéisation concerne aussi la répartition des variétés entre et au sein des territoires marqués par leur histoire agricole. Elle pose la question de la fragilité des cultures de blé vis à vis des changements de l’environnement en cours et à venir (pathogènes, sécheresse, pratiques agricoles, etc.).

 

Ce type d’étude permet de retracer les conséquences de l’évolution de l’agriculture et des filières associées sur la diversité des plantes cultivées. L’application de ces indicateurs est un formidable outil pour éclairer les décideurs sur les actions visant à maintenir, aux échelles nationales et territoriales, la diversité des ressources génétiques cultivées.

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